Церковь подчиняется любой гражданской власти.
"...Учение первоверховных апостолов Петра и Павла о властях предержащих изложено с убедительной ясностью: а) всякая власть от Бога установлена; б) должно оказывать подобающую честь представителям власти, а также проявлять по отношению к ним покорность и повиновение.
Апостолы поясняют также, почему христиане должны оказывать честь и проявлять покорность и повиновение по отношению к начальствующим. Именно для того, чтобы, поступая так, христиане заграждали уста невежеству безумных людей, говорящих, что через христиан происходит ниспровержение гражданской жизни; а также чтобы христианам не быть неблагодарными, ибо начальствующие, заботясь о благоденствии государства, тем самым заботятся о внешнем благополучии и христиан. Для сего вы и подати им платите и награду за их попечение о вас, напоминает апостол. Апостолы призывают также христиан молиться Богу о всяком человеческом начальстве, чтобы проводить жизнь тихую и безмятежную во всяком благочестии и чистоте.
При этом следует иметь в виду, что это повеление апостолов, относящееся, безусловно, ко всем народам и временам, относилось непосредственным образом к властям Римской империи, тем самым властям, которые жестоко гнали и мучили христиан. И это обстоятельство не дает ни малейшего извинения тем христианам, которые вопреки повелению святых апостолов противятся государственной власти, не оказывая ей подобающей чести и покорности, на том основании, что эти власти безбожны. Противящийся власти противится Божию установлению, говорит апостол. Посему противящиеся сами навлекут на себя осуждение. Осуждение, а не награду."
http://www.pravoslavie.ru/archiv/patrti ... vvlast.htm