А откуда взялась математика и физика? Да и в богословии множество терминов и понятий, пришедших из философии.

Богословие всегда говорило на языке понятном тем, для кого оно предназначено. Образованное общество Римской империи говорило на языке философии Платона и Аристотеля. Потому на этом языке говорило и богословие. Было нечто в этом языке, что способствовало пониманию Христианства тем обществом. Но Евангелие невместимо никакой философией. Те, кто относился к философской формулировке Истины только как к мосту, для принятия Истины, пользовались философией безопасно. Но есть опасность в том, что из вспомогательного средства философия может превратиться в средство определяющее, так что не просто будет помогать принять Истину, а пытаться по своим правилам мирской мудрости определять Истину.
Так и стало происходить, на том и стали возникать ереси, потому что не может вместить никакая философия Истину Благой Вести.
Ереси отвергались догматами - строгими формулировками, которые однако, неприемлимы по правилам античной философии. Этим вот и свидетельствовала Церковь о том, что никакая мирская мудрость не может вместить Истину. Можно использовать принятые в обществе обороты речи для принятия Истины, но нельзя делать принятые в обществе обороты речи критериями Истины.
Что касается Таинства Таинств, то никто из святых отцов не пытался выразить его в философских категориях, потому что оно не вмещается в эти категории.
Но вот западные схоластики решили во что бы то ни стало сформулировать такую философию, которая абсолютно все содержание Веры перекладывала бы на строго логические категории земной мудрости. Если античная философия по крайней мере, привязывалась к мирскому опыту, то схоластическая философия, по тому значению, которое ей предназначалось, могла быть только фантастической, но и никакая фантастика человеческая не сможет вместить содержание Истины. Потому начались споры различных схоластических партий, пока политическими методами временно не победила одна. В этой фантастической философии предметы разделились на субстанции и акциденции, чего не было в философии античной, потому что там акциденции с субстанцией составляют нечто единое. Формулировка Таинства в такой философии сделалась на западе догматом и привела к изменению исполнения Таинства.
Формулировка же эта не только не способствовала принятию Истины, но, поскольку вместо Истины догматизировалась фантастическая формулировка, которая с одной стороны, заменяла Священное благоговение рассудочными категориями, с другой стороны, вовсе не делала содержание более понятным, а только заставляла фантазировать, то это, видимо, и явилось причиной дальнейших попыток совершенствования философии. Так появились потом первичные и вторичные качества, вещи в себе, и т.д. и т.п., что в конечном счете привело к материализму и атеизму.

Конечно, в той степени, в которой вошли философские понятия в догматы и учения святых отцов, став тем самым неотъемлемой частью вероучения, в той степени, но и только в той степени, они сохраняют свое значение в богословии.
Но вот нужно ли нам дальше развивать философию богословия ? Нужно ли и далее, решения возникающих богословских вопросов пытаться формулировать философскими категориями ?
Не вижу в этом никакого смысла. Во-первых, потому, что нет сейчас общезначимой философской системы, во-вторых, сейчас не является философия той основой мышления, какой она была в античном мире. Точные науки пользуются своими понятиями, а не тем, что пытаются навязать им философы, гуманитарные науки - сами себе философии. То есть, не только простому народу, но и образованному обществу, вовсе нет надобности в философских категориях. Философия сейчас интересует только философов.

Богословие же должно говорить на языке понятном людям. Непостижимое же в человеческих понятиях, так и надо назыать непостижимым. А вот в отношении Таинства Таинств, так всегда и говорили святые отцы. Ни сущности, ни естества, ни субстанции, ни акциденции не имеют к этому никакого отношения вообще.
Ну и зачем тогда сейчас, уподобляясь католикам, говорить по этому поводу о субстанциях, естествах и акциденциях ? Простому то человеку (в смысле не философу) эти слова вообще могут ни о чем не говорить.

Если мы хотим как то облегчить наше принятие Истины, то разве нельзя найти соответствующие понятия в обычном практическом языке ?
И святые отцы говорили, и наука современная подтверждает, что вещество человеческого тела то же самое, что хлеба и вина, да и без всякой науки можно сделать такой вывод, просто из жизненного опыта, потому как из того, что мы употребляем в пищу строится наше тело.
Но чем отличается наше тело (вместе конечно и с кровью), от простого вещества ? Тем, что оно управляется душой нашей. Прелогается, пресуществляется вещество в тело человека, попадая под власть нашей души.

Будет ли кто отрицать, что если Хлеб и Вино в Таинстве суть Тело и Кровь Христовы, то они под властью человеческой Души Его ? Но с человеческим естеством (телом и душой) Спасителя неслиянно и нераздельно соединено Божество Его. Не достаточно ли этого, чтобы подходить к Сему в величайшем страхе и трепете ? Какие еще нужны субстанции и акциденции ? Какие еще нужны рассуждения о том, что якобы это уже не хлеб и не вино, а только видимость их ? Но ведь и святые отцы не говорили, что только видимость, хотя и говорили "под видом", и Спаситель не говорил "видимость", а говорил, что Он есть Хлеб сходящий с небес. Так не богохульство ли будет мыслить не только "под видом", но и как просто видимость.
Не важнее ли всех этих рассуждений подходить в страхе и трепете, надеясь на милость Божию ?

Нет, не ради благочестия, поднят спор латиноподражателями, а для других каких то целей. Если не предполагать худшего, то видимо ради самоутверждения в своем знании латинствующих философий.

Так, например, известный англиканский еретик Беркли

Что касается того, откуда произошли физика и математика, Эвклида и Архимеда вроде как философами не называют. Аристотель же, своим выводом физики из философии, наговорил множество бредовых положений, чем на много веков затормозил развитие физики (хорошо это или плохо - отдельный вопрос, я про сам факт).
Конечно, в древности не было разделения наук, была только ученость как таковая, но это не значит, что физика и математика были частью философии.

Еретик для англиканской церкви? Или для Ньютона и Лейбница?

Англикане сами по себе еретики, но концепцию Беркли даже они не признали (хотя его и не отлучили).
Я же говорю не о том, что он обрушился на матанализ потому что еретик, обрушился он с позиций логики, а не с позиций богословия, и действительно выявил ряд несуразностей, что стимулировало, как я и говорил, математиков в создании строго логической системы матанализа.
Тут такая, однако, штука есть. Никто не в состоянии понять строгий матанализ, если сначала не прочуствует сие интуитивно в понятиях Ньютона и Лейбница. С этим, в частности, связан тот факт, что многие студенты и физико-математических и инженерных спейиальностей вылетают на первом курсе. Многие преподаватели математики считают несоответствующем чести мундира опускаться на полуинтуитивный уровень Ньютона. Кто сможет сопоставить такое интуитивное представление сам, или прочитает это в книгах, предназначенных для физиков и инженеров, тот сможет понять потом и строгое содержание. Остальные же просто не понимают о чем идет речь и вылетают.

Т.е. Ньютон и Лейбниц исходили из философских предпосылок в своих рассуждениях, ведь философия зачастую обращается к интуиции и образам?

Нет, они исходили из очевидных понятий о движении и изменении. Это уже потом было обнаружено, что проблемы эти связаны с Вашими любимыми парадоксами Зенона.

http://ru.wikipedia.org/wiki/Ницше

Вам, я вижу, не нравится термин "философия". Ну давайте заменим его на "творческое мышление", "отвлеченное мышление". Не считаете ли Вы, что в наше время наблюдается кризис в этом смысле у человеческих умов? Т.е. критическое мышление преобладает над творческим?

Конечно творческое мышление нужно. Но вот что касается философии, ведь почти каждая философия пытается себя навязать обществу в качестве некоторого догмата или стандарта мышления. Вот я, собственно, против таких притензий философов возражаю.