В начале 1990-х годов академик Д. С. Лихачёв, вице-адмирал В. Н. Щербаков заявили о необходимости оценки законности приговора, вынесенного адмиралу большевистским Иркутским военно-революционным комитетом.

В конце 1990-х за реабилитацию Колчака высказывались занимавший в то время пост Генерального прокурора РФ Ю. И. Скуратов и начальник Генштаба ВС РФ А. В. Квашнин.

В 1998 году С. Зуев, руководитель Общественного фонда по созданию храма-музея в память о жертвах политических репрессий, направил в Главную военную прокуратуру заявление о реабилитации Колчака, которое дошло до суда. 26 января 1999 года военный суд Забайкальского военного округа (ЗабВО) признал Колчака не подлежащим реабилитации, так как, с точки зрения военных юристов, несмотря на свои широкие полномочия, адмирал не остановил террора, проводимого его контрразведкой в отношении гражданского населения.

Сторонники адмирала с этими доводами не согласились. Иеромонах Никон (Белавенец), руководитель организации «За Веру и Отечество», обратился в Верховный Суд Российской Федерации (ВС) с просьбой о внесении протеста на отказ в реабилитации Колчака. Протест был передан в Военную коллегию Верховного суда, которая, рассмотрев дело в сентябре 2001 года, приняла решение — не опротестовывать решение Военного суда ЗабВО. Члены Военной коллегии постановили, что заслуги адмирала в дореволюционный период не могут служить основанием для его реабилитации: Иркутский военно-революционный комитет приговорил адмирала к расстрелу за организацию военных действий против Советской России и массовые репрессии в отношении мирного населения и красноармейцев и, следовательно, был прав.

Защитники адмирала решили обратиться в Конституционный суд Российской Федерации (КС), который в 2000 году постановил, что суд ЗабВО не имел права рассматривать дело «без извещения осуждённого или его защитников о времени и месте судебного заседания». Поскольку суд ЗабВО в 1999 году рассматривал дело о реабилитации Колчака в отсутствие защитников, то, согласно решению Конституционного суда, дело должно быть рассмотрено вновь, уже с непосредственным участием защиты. В 2004 году КС отметил, что дело о реабилитации Колчака не закрыто, как ранее постановил ВС. Члены КС усмотрели, что суд первой инстанции, где впервые был поставлен вопрос о реабилитации адмирала, нарушил юридическую процедуру.

Процесс юридической реабилитации Колчака вызывает неоднозначное отношение и той части общества, которая, в принципе, положительно оценивает эту историческую фигуру. В 2006 году губернатор Омской области Л. К. Полежаев заявил, что Колчак не нуждается в реабилитации, так как «время его реабилитировало, а не военная прокуратура».

В 2009 году была опубликована книга С. В. Дрокова «Адмирал Колчак и суд истории». На основании документов следственного дела Колчака автор книги ставит под сомнение компетенцию следственных групп прокуратур 1999—2004 годов. Дроков доказывает необходимость официального снятия конкретных обвинений против адмирала, сформулированных и опубликованных Советской властью

Подлючий суд. Ленин и всяческие карлылибкнехты - не военные преступники, Дзержинские - и прочие палачи - не преступники... Жуть!

Керенскому или России?
Любой военнослужащий, не уволившийся после февральской революции - прислужник масонов и Керенского?
Может, надо было открыть фронт и впустить немцев в Россию?

А механизм простой.
В основе их решений лежит то, что красная власть считается законной, а белая - нет, хотя в 1919 году это было совсем не очевидно. Поэтому кто воевал против "законной власти", тот типа преступник. Хотя эту власть никто не выбирал. И наоборот - какие бы преступления и казни ни совершили большевики, они делали это в соответствии с законами красной власти, поэтому типа невиновны в любом случае.

Непонятно, правда, какая реабилитация нужна человеку, которого суд не признавал преступником.

В том то вся и закавыка, что именно суды разных инстанций вплоть до конституционного(когда никакой уже красной власти не было) рассматривали дело Колчака и признавали ранее выдвигавшиеся обвинения. И не по причине своей красности, а по фактам бесчеловечности по отношению к населению. Т.е. виновен в том же, в чём повинны и зверствовавшие в то же время преступники большевики.

Допустим. Тогда как поступить? Либо поломать все памятники участникам гражданской с красной стороны (Ленину в первую очередь), либо одинаково вешать доски и тем, и другим.

Керенскому или России?
Любой военнослужащий, не уволившийся после февральской революции - прислужник масонов и Керенского?
Может, надо было открыть фронт и впустить немцев в Россию?

А кому он присягу давал? Не Царю ли? Ладно там штабс-капитан какой-нибудь, от которого ничего не зависит, а тут адмирал всё-таки.
Который, кроме того, видел, что Временное правительство и советы откровенно разваливают армию.

Давал. И что, он её нарушил?
Это сейчас мы все умные и по книгам знаем, что случилось.
А тогда людей поставили перед фактом: царь отрёкся, все свободны. О заговоре, масонах и т.п. кто знал?

С новой властью пошёл сотрудничать - значит нарушил присягу. Вы говорите, ну, типа, не очень сильно нарушил. Прокомметировать по причине несильного знания не могу. Но и героем после этого Колчака нельзя назвать. Вот царские слуги, что были с Государем до последнего - те герои. Хотя могли при желании уйти - "Царь-то отрёкся".

Понятно, что нашлись и люди сверхстойкие вроде тех же слуг или генерала Келлера, который написал телеграмму о том, что не верит в отречение. Но время было такое, что таких людей осталось мало, разложили народ. И в основной массе он оказался дезориентирован.