Арест и работа в закрытых КБКоролёв был арестован 27 июня 1938 года
по обвинению во вредительстве, после ареста Ивана Терентьевича Клеймёнова и других работников Реактивного института.
Он был подвергнут пыткам; по некоторым данным, во время пыток ему сломали обе челюсти. Автором этой версии является журналист Я. Голованов. Однако, в своей книге[Я. Голованов Королёв. Факты и мифы. — М.: Наука, 1994. — 800 с.: ил. — ISBN 5-02-000822-2; ББК 84Р7 Г61] он подчеркивает, что это только версия:
Цитата:
"В феврале 1988 года я беседовал с членом-корреспондентом Академии наук СССР С. Н. Ефуни.
Сергей Наумович рассказывал мне об операции 1966 года, во время которой Сергей Павлович умер. Сам Ефуни принимал участие в ней лишь на определённом этапе, но, будучи в то время ведущим анестезиологом 4-го Главного управления Минздрава СССР, он знал все подробности этого трагического события.
— Анестезиолог Юрий Ильич Савинов столкнулся с непредвиденным обстоятельством, — рассказывал Сергей Наумович. — Для того чтобы дать наркоз, надо было ввести трубку, а Королёв не мог широко открыть рот. У него были переломы двух челюстей…
— У Сергея Павловича были сломаны челюсти? — спросил я жену Королёва, Нину Ивановну.
— Он никогда не упоминал об этом, — ответила она задумчиво. — Он действительно не мог широко открыть рот, и я припоминаю: когда ему предстояло идти к зубному врачу, он всегда нервничал…"
Королёв пишет ясно:
«следователи Шестаков и Быков подвергли меня физическим репрессиям и издевательствам». Но доказать, что Николай Михайлович Шестаков сломал челюсти Сергею Павловичу Королёву, я не могу. К сожалению, никто этого уже не сможет доказать. Даже доказать, что ударил, — нельзя. Что просто толкнул. Вновь повторю: я ничего не могу доказать, нет в природе этих доказательств. Я могу лишь попытаться увидеть. Никаких других свидетельств, подтверждающих то, что на допросах Королёву сломали челюсть, нет.
"
25 сентября 1938 года Королёв был включён в список лиц, подлежащих суду Военной коллегии Верховного суда СССР. В списке он шёл по первой (расстрельной) категории[↑ Списки лиц, подлежащих суду Военной коллегии Верховного суда Союза ССР от 25 сентября 1938 года, АП РФ, оп.24, дело 419, лист 170]
Цитата:


СПИСОК
ЛИЦ, ПОДЛЕЖАЩИХ СУДУ ВОЕННОЙ КОЛЛЕГИИ
ВЕРХОВНОГО СУДА СОЮЗА ССР
от 25 сентября 1938 года
За Сталин,Молотов,Каганович,Ворошилов
АП РФ, оп.24, дело 419, лист 167
Список был завизирован Сталиным, Молотовым, Ворошиловым и Кагановичем
