Я уже много говорил об этом в других темах.
В действительности вашу трактовку чуда придумал еретик Беркли, у святых отцов такой трактовки нет.
А по существу, отмена фундаментальных законов природы означает пересотворение мира, мы же знаем из Священного Писания, что Бог один раз сотворил мир и не пересотворяет его (хотя конечно же Он мог бы это сделать), так что дело здесь вовсе не в гордыне ученых, а в следовании Священному Писанию.

Прп. Ефрем Сирин
Толкования на четвероевангелие
ГЛАВА 12
........................................................
Итак, когда сели в лодку и подверглись в ней действию ветра, и волнующееся море поднялось на них, (тогда) пришел Господь и явился им, они же думали, что то, что явилось им, есть призрак. Ибо точно знали, что Христос облечен был телом, которое подчинено закону тяжести, и потому им пришло на мысль, что тяжелое тело ходить по водам не может. Поскольку это было (на самом деле) так, то они встревожились не безрассудно.
........................................................
Симон же, понимая, что слова «это Я», Он сказал о теле Своем, ответил и сказал, что «если это действительно так, то, вот, и я так же облечен плотью. Если и я так же пойду по водам, то узнаю тогда, что Ты ходишь по ним тем самым телом, которое, как я знаю, Ты имеешь». И когда сошел (с лодки), чтобы идти по морю, и стал тонуть, то не отверг Христа, потому что Христос не сказал ему: «неверный», но: «маловерный» (Мф.14:31). Море же подняло Христа и носило на волнах своих, и таким образом обозначило путь, какой Господь приготовил апостолам в Своих странах, и так исполнились слова Писания: «Ты господствуешь над силою моря и движение течений его Ты укрощаешь» (ср.: Пс.88:10). «Когда явился Господь и вошел с Петром в лодку, то ветер перестал и утих» (ср.: Мф.14:32). Арий, противоречащий рождеству Христову из Отца, также обличается словом, какое сказано было в этой лодке: «плывущие в лодке подошли к Господу и стали поклоняться Ему и говорить: истинно Ты Сын Божий» (ср.: Мф.14:33). Это согласуется с тем, что написано о Нем: «увидели Тебя воды и убоялись, и бездны смутились и следы Твои не открываются» (ср.: Пс.76:17,20). Итак, этими словами апостолы исповедали, что Он есть истинно Тот Сын Божий, о Котором все это было сказано.

Благодарю, более прояснилось. Кстати, Вам знаком такой ученый как Полкинхорн? Он в своих трудах показывает с научной точки зрения, что Св. Писание и наука более совместимы, чем атеизм и наука.
http://www.bogoslov.ru/text/415922.html

Несмотря на очень интересный прогресс, который имеет место в нейронауке, и исследование идентификации нейронных цепочек в мозге, которые обрабатывают информацию, получаемую нами из окружающей среды, мы вообще не понимаем происхождения нашего самосознания. Очевидно, что оно связано с функционированием нашего мозга - удар молотком по голове является достаточным средством для установления этой связи - но существует серьезная пропасть между разговором о нейронных сетях и простейшим ментальным опытом восприятия зеленого цвета или ощущения боли, и мы не имеем никаких идей о том, как соединить их.

Закон всемирного тяготения, например.