Общее стратегическое руководство вооруженной борьбой партизанских сил осуществляла Ставка Верховного Главнокомандования, которая определяла основные задачи партизан на каждом этапе войны и в отдельных стратегических операциях и организовывала стратегическое взаимодействие партизан с Советской Армией. Непосредственное стратегическое руководство боевой деятельностью партизан осуществлял Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД; начальник штаба П. К. Пономаренко) при Ставке, созданный 30 мая 1942 и существовавший до начала 1944. Центральному штабу были подчинены в оперативном отношении республиканские и областные штабы П. д., которые возглавляли секретари или члены ЦК компартий республик, крайкомов и обкомов: на Украине — Т. А. Строкач, в Белоруссии — П. З. Калинин, в Литве — А. Ю. Снечкус, в Латвии — А. К. Спрогис, в Эстонии — Н. Г. Каротамм, в Карелии — С. Я. Вершинин, в Ленинградской области — М. Н. Никитин, в Орловской области — А. П. Матвеев, в Смоленской области — Д. М. Попов, в Ставропольском крае — М. А. Суслов, в Крымской АССР — В. С. Булатов и др. Штабы П. д. подчинялись также Военным советам соответствующих фронтов. В тех случаях, когда на территории республики или области действовало несколько фронтов, при их Военных советах создавались представительства или оперативные группы республиканских и областных штабов П. д., которые, осуществляя руководство боевой деятельностью партизан в полосе данного фронта, подчинялись соответствующему штабу П. д. и Военному совету фронта. Укрепление руководства П. д. шло по линии улучшения связи партизан с "Большой землёй", совершенствования форм оперативного и стратегического руководства, улучшения планирования боевой деятельности. Если летом 1942 лишь около 30% партизанских отрядов, состоявших на учёте штабов П. д., имели радиосвязь с "Большой землёй" (из них 1/2 за счёт соседей), то в ноябре 1943 почти 94% отрядов поддерживали радиосвязь с органами руководства П. д., в том числе около 1\2 имели свои радиостанции. Создание штабов П. д. с чёткими функциями и улучшение связи с "Большой землёй" придавали П. д. всё более организованный характер, обеспечивали большую согласованность действий партизанских сил и способствовали улучшению их взаимодействия с войсками.

Большое внимание уделялось систематическому снабжению партизан оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, медикаментами и др., эвакуации авиацией тяжелораненых и больных на "Большую землю". В 1943 только Авиацией дальнего действия и Гражданским воздушным флотом было совершено свыше 12 тыс. самолётовылетов в тыл врага (половина из них — с посадкой на партизанские аэродромы и площадки).